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Gaussian

Gaussian是一个功能强大的量子化学综合软件包。其可执行程序可在不同型 号的大型计算机,超级计算机,工作站和个人计算机上运行,并相应有不同的版本。高斯功能:过渡态能量和结构、键和反应能量 、分子轨道、原子电荷和电势、振动频率、红外和... [更多]

VASP

VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力 学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。官网:http://www.vasp.at/。

VASP535

VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力 学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。官网:http://www.vasp.at/。

AMBER

AMBER是著名的分子动力学软件,用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算 模拟。AMBER也指一种经验力场(empirical force fields)。 力场和代码是分开的, 一些软件中包含AMBER力场, 而其他的力 场...[更多]

CPMD

CPMD是由IBM公司和马克斯-普朗克研究中心共同开发的一款用于对分子、原 子和材料等研究的大型从头算模拟软件。对于非赢利的学术机构是可以免费提供源代码的,而对于商业组织则需要像IBM公司申请许 可。它基于密度泛函理论(DFT),并通过平面波基矢和赝势来实现。采用...[更多]

DL_POLY

DL_POLY是串行和并行分子动力学模拟软件包。DL_POLY目前有两个版本。 DL_POLY_2是原始版本,用复制数据的方法并行化,适用于在100个处理器上模拟三万个原子的情况;DL_POLY_3的并行化使用区域分 解,适用于在8至1024个处理器上,模拟...[更多]

LAMMPS

LAMMPS全称“大规模原子分子并行模拟器”,主要用于分子动力学相关的一 些计算和模拟工作。它可支持包括气态,液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系,支持多种势函数并具有良 好的并行扩展性。官网:http://lammps.sandia.gov/。

MOLPRO

MOLPRO是国际上广泛使用的专业级电子结构量化计算软件,由H.-J. Werner 和P. J. Knowles负责设计和维护。不同于其它的量子化学软件包,MOLPRO的重点是高精度计算,通过多参考CI,耦合簇和有关的方 法,广泛处理电子相关问题。使用...[更多]

GAMESS

GAMESS (美国版) 是一个常用的计算化学软件,其全名为通用原子分子电子 结构系统(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)。作为美国国家化学计算资源(NRCC,National Resources for Computations in Chemistry)项目的一部分,GAMESS的代码...[更多]

WIEN2K

用密度泛函理论计算固体的电子结构。它基于键结构计算最准确的方案—— 完全势(线性)缀加平面波(L)APW + 局域轨道(lo)方法。在密度泛函中可以使用局域(自旋)密度近似(LDA)或广义梯度近似(GGA) 。WIEN 2000使用全电子方案,包含相对论影响。官网:http://www.wien2k.at/。

ABINIT

ABINIT程序包是基于密度泛含理论(Density Functional Theory, DFT), 采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系(分子和具有周期性结构的固体),它可以计算体系的总能、电荷密 度以及电子结构。 ABINIT也可以按H-F力和压力来优化...[更多]

AUTODOCK

AUTODOCK是一款开源的分子模拟软件,最主要应用于执行配体—蛋白分子对 接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护,目前最新版本为AUTODOCK4.2。另外,其用户图形化界面(GUI)工具为 AutoDockTools(ADT),其第二代产品为AutoDock Vina。 AUTODOCK包含...[更多]

DOCK

DOCK是Kuntz研究小组发展的分子对接程序,可能是目前应用最为广泛的分子 对接程序之一.它能自动地模拟配体分子在受体活性位点的作用情况,并把理论预测最佳的方式记录下来。而且该方法能够对配体的 三维结构数据库进行自动搜索,因此被广泛应用于...[更多]

TINKER

TINKER是一些程序的集合,用于进行分子力学和分子动力学计算,以及一些 用于生物聚合物计算的特殊功能。注意新旧版本之间的很多计算并不兼容,因为它们的参数文件并不相同。 官网: http://dasher.wustl.edu/tinker/。

Q-CHEM

Q-CHEM是一款功能齐全的从头算量子化学程序包,全面支持从DFT/HF到各种 高级的post-HF相关能计算方法,被广泛用于处理工业界、学术界和国家实验室的各类理论模拟研究,在理论化学、药物设计、材料 科学、生物化学以及相关领域的教学...[更多]

XI'AN-CI

XI'AN-CI是我国西北大学文振翼教授等开发的一组计算电子相关能的程序包 ,程序基于图形酉群方法(GUGA),并采用作者提出的空穴-粒子对称从而提高计算效率。它的核心部分是多参考一级和二级组态相 互作用(MR-CISD)。程序包中...[更多]

THERMOSEARCH

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GROMACS

GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学 、随机动力学或路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力 场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以...[更多]

NWCHEM

NWCHEM软件是运行在高性能并行超级计算机和工作站集群上的开源大规模并 行计算化学软件。该软件使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度,计算分子和周期性系统的特性,还可进行经典分子动力学 和自由能模拟。官网:http://www.nwchem-sw.org/。

ESPRESSOMD

ESPRESSOMD是软物质分子动力学模拟程序,以计算静电相互作用见长。官网 :http://espressomd.org/。

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